長期從事思想文化史研究，探討中國文化史框架構筑和明清文化史。研究工作中沿著微觀辨析與宏觀把握相結合，義理、考據、辭章三者相濟的理路，就中國文化生態、中國文化特質、中外文化互動等論題進行考究，在《中國社會科學》、《歷史研究》等刊物發表論文百篇，著有《明清文化史散論》、《中國文化史斷想》、《中華文化史》（合著）、《中華元典精神》諸書。提出并論證“文化生態”說、“文化元典”說，得到學界充分肯任和大量采用，被前輩學者譽為探討中國文化的“重要貢獻”，認為表現出系統史學的魅力，是對中國文化史研究的一種理論建構。近十余年來，著重研究中國文化的近代轉型，發掘中國文化近代轉換的自身資源和內在動力，注重探討中西文化互動在中國文化近代轉型中的關鍵作用，并注目于從概念的古今轉換、中外對接考察文化近代轉型，代表作為《解構專制——明末清初“新民本”思想研究》（合著）、《晚清經世實學》（合著）、《張之洞評傳》、《新語探源》、《“封建”考論》等。論著曾獲中國圖書獎一等獎、教育部人文社會科學研究優秀成果二等獎、湖北省社科優秀成果一等獎。多種成果譯為英文、日文、西班牙文、韓文出版或發表。多年來為建立和發展武漢大學中國文化史學科做出了突出貢獻。